Tháng 9 năm 1945, Nam Bộ kháng chiến bùng nổ, ông được điều làm Ủy viên Quốc gia bảo vệ cuộc Nam Bộ (giám đốc Công an Nam Bộ).[5]

Năm 1946, ông trúng cử Đại biểu Quốc hội khóa I, ra Hà Nội giữ chức Phó Giám đốc Sở Công an Bắc Bộ, sau đó là Trưởng ty Điệp báo thuộc Nha Công an trung ương.[1][2] Ngày 11 tháng 7 năm 1946, ông cùng Tổng giám đốc Nha Công an Lê Giản, Trưởng ty Công an Hà Nội Nguyễn Tuấn Thức tham gia phá vụ án Ôn Như Hầu, ngăn chặn âm mưu đảo chính của Đại Việt Quốc dân Đảng.[4]

Năm 1947, sau khi Toàn quốc kháng chiến bùng nổ, ông giữ chức vụ Trưởng ty Điệp báo Nha công an Trung ương. Năm 1950, ông làm Trưởng ty Công an Hà Nội, tiến hành các hoạt động tình báo – an ninh ở sâu trong khu vực quân Pháp chiếm đóng.[1][2]

Năm 1952, Thứ Bộ Công an của Chính phủ thành lập. ông rút về giữ chức Vụ trưởng Vụ Chấp pháp (nay là Văn phòng Cơ quan Cảnh sát điều tra[10]) đầu tiên của Bộ Công an.[1][2]